Frauke Rauterberg studierte bereits als Schülerin Blockflöte bei Prof. Ferdinand Conrad in Hannover und anschließend an der Hochschule der Künste Berlin bei Prof. Christoph Huntgeburth. Dort erhielt sie ihr Blockflötenexamen mit dem Prädikat "Auszeichnung". Sie vollendete ihre solistische Ausbildung von 1990-95 bei Walter van Hauwe in Amsterdam und ergänzte sie in Meisterkursen u.a. bei Frans Brüggen, Kees Boeke, Han Tol und Pedro Memelsdorff. Zeitgleich absolvierte sie ein Musikwissenschaftsstudium an der Freien Universität Berlin. Ihre Traversflötenausbildung erhielt sie u.a. bei Prof. Christoph Huntgeburth und in Meisterkursen bei Prof. Dr. Linde Brunmayr-Tutz und Barthold Kuijken. Eine umfangreiche Konzerttätigkeit als Solistin und mit verschiedenen Ensembles der Alten Musik führte sie durch Deutschland und Europa. In zahlreichen Solo- und Kammermusikabenden zeigt sich auch ihre intensive Beschäftigung mit der Neuen Musik.
Sie nahm erfolgreich an Wettbewerben teil und wirkte bei CD- und Rundfunkaufnahmen mit.
Lehrtätigkeit im Fach Blockflöte und Kammermusik sowie Vorträge und Workshops an der Universität der Künste Berlin und an der Hochschule für Musik Köln gehören zu ihrer Arbeit als Dozentin.